Longtemps considéré comme un « simple » ensemble de bactéries utiles à la digestion, le microbiote intestinal est aujourd’hui reconnu comme un véritable organe à part entière. Constitué de centaines de milliards de micro organismes, il joue un rôle fondamental dans de nombreuses fonctions biologiques.

Le rôle le plus connu du microbiote intestinal reste son implication dans la digestion. Il participe en effet à la dégradation des aliments que l’organisme ne peut pas digérer seul. Il contribue également à l’assimilation de tous les nutriments apportés par l’alimentation et intervient dans plusieurs processus métaboliques. Le microbiote agit également sur le fonctionnement global et la vascularisation du tube digestif. Mais les recherches récentes ont mis en évidence son implication dans bien d’autres domaines, tels que l’immunité, la santé mentale ou encore le neurodéveloppement.

Un écosystème évolutif

Une première colonisation microbienne débute dès les premiers instants de la vie, influencée par le mode d’accouchement (voie basse ou césarienne), l’alimentation (allaitement ou lait infantile) et l’environnement immédiat. On parle parfois de microbiote « inné » pour désigner cette base initiale transmise en partie par la mère. Ce microbiote n’est toutefois pas figé: sa composition évolue pendant les premières années de vie selon l’alimentation, la génétique, le niveau d’hygiène, les éventuels traitements médicamenteux et l’environnement.

Ce microbiote « acquis » demeure ensuite globalement stable tout au long de la vie; certaines situations (maladies, traitements antibiotiques, régime alimentaire spécifique, etc.) peuvent toutefois modifier sa composition de manière plus ou moins durable.

L’axe intestin-cerveau

L’une des avancées majeures de la recherche récente sur le microbiote concerne son lien étroit avec le cerveau, souvent appelé « axe intestin cerveau ». Ces milliards de micro-organismes ont en effet une influence sur notre état psychique. Par exemple, des études ont montré que les micro-organismes intestinaux produisent des molécules capables d’influencer le système nerveux, notamment des neurotransmetteurs essentiels à la régulation de l’humeur et au bien-être émotionnel. Des travaux récents suggèrent même que la com-position du microbiote pourrait influencer certaines compétences sociales! Des scientifiques de l’Institut du Cerveau et de l’Université de Bonn ont en effet découvert que des changements dans le microbiote intestinal peuvent influencer notre sensibilité à l’injustice et la façon dont nous traitons les autres[1].

Un lien étroit avec le système immunitaire

Le microbiote intestinal est aussi un acteur central de l’immunité humaine, en intervenant à la fois dans son développement, sa régulation et son efficacité. Certaines bactéries intestinales jouent notamment un rôle majeur dans le développement des lymphocytes T régulateurs une sous-population de cellules immunitaires essentielles au maintien de l’homéostasie immunitaire et de la tolérance au soi. Des travaux récents [2] indiquent que les métabolites microbiens renforcent la barrière épithéliale intestinale et modulent directement l’expression des gènes dans les cellules immunitaires.

Une revue systématique de 2024 [3] souligne par ailleurs que la composition du microbiote explique en partie la variabilité interindividuelle des réponses vaccinales, tandis que d’autres recherches [4] révèlent que l’efficacité de l’immunothérapie dans le traitement du cancer est elle aussi influencée par la flore intestinale.

Un déséquilibre lourd de conséquences

Malheureusement, un déséquilibre du microbiote, appelé dysbiose, peut perturber l’ensemble de ses fonctions et avoir des conséquences multiples: troubles digestifs (ballonnements, diarrhée, constipation), maladies métaboliques (obésité, diabète), troubles neurologiques ou psychiatriques, affaiblissement du système immunitaire, maladies inflammatoires chroniques de l’intestin et maladies auto-immunes. Les recherches récentes mettent également en évidence des liens entre la dysbiose et les maladies neu-rodégénératives.

Une équipe internationale dirigée par l’University College de Londres a notamment découvert que certaines altérations du microbiote intestinal étaient caractéristiques de la maladie de Parkinson [5]. Une autre étude publiée fin 2025 a mis en lumière la manière dont les milliards de bactéries de notre système digestif impactent nos cycles veille-sommeil [6]: les chercheurs ont découvert que les patients atteints d’insomnie chronique présentent une moindre diversité microbienne et des abondances altérées de familles bactériennes spécifiques. Idem pour l’apnée obstructive du sommeil, dont la sévérité est corrélée à des niveaux réduits de bactéries bénéfiques.

Le rôle du microbiote intestinal va donc bien au-delà de la digestion: les recherches récentes confirment son implication dans de nombreuses pathologies. Par conséquent, de nouvelles approches thérapeutiques personnalisées centrées sur le microbiote émergent. Celles-ci comprennent la prise de probiotiques et prébiotiques, les interventions nutritionnelles ciblées et la transplantation de microbiote fécal. Maintenir un microbiote diversifié et équilibré, notamment par l’alimentation et le mode de vie, s’impose désormais comme un enjeu majeur de santé publique.

• Falkenstein, M. et al. « Impact of the Gut Microbiome Com-position on Social Decision-Making », PNAS Nexus (2024)
• Mann, E. et al., « Short-chain fatty acids: linking diet, the microbiome and immunity », Nature Reviews Immunology (2024)
• Ardura-Garcia, C. et al., « Systematic review of the impact of intestinal microbiota on vaccine responses », npj Vaccines (2024)
• Routy, B. et al., « Gut microbiome influences efficacy of PD-1–based immunotherapy against epithelial tumors », Science (2017)
• Menozzi, E. et al. « Microbiome signature of Parkinson’s disease in healthy and genetically at-risk individuals ». Nat Med (2026)
• Wang Z. et al., « Brain-gut-microbiota interactions in sleep disorders », Brain Medicine (2025)